Pendant longtemps, la glande pinéale, dans laquelle Descartes avait placé le siège de l’âme, était resté énigmatique. Les études d’anatomie comparée et d’embryologie ont démontré que cette glande est le résultat d’une évagination du plafond du thalamencéphale et qu’elle est un œil avorté, le troisième œil des vertébrés. En effet, on retrouve cet œil médian chez les larves d’Ascidies et chez les Pyrosomes adultes. Chez plusieurs Lézards (Hatteria, Anguis fragilis, Lacerta vivipara, etc.), cet œil pariétal comprend une cornée, un cristallin, une rétine. Véritable œil, il est relié au cerveau par un pédicule comparable au nerf optique et vient se loger sous la peau du crâne en passant à travers le trou pariétal qui existe dans le crâne de ces espèces et qui est beaucoup plus développé encore chez les grands Sauriens (Ichthyosaures, Plésiosaures, etc.). Chez les Amphibiens cette communication se trouve déjà interrompue pendant la période embryonnaire, par suite de l’oblitération du trou pariétal, et, chez les Oiseaux et les Mammifères, la glande pinéale demeure dans le crâne. Chez l’homme on peut comparer la glande pinéale au compteur ordinal du microprocesseur celui qui donne le rythme et fait avancer le programme selon sa fréquence (impulsion du à la vibration du cristal).
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