Bien que fondé par les anglais , la jeune franc-maçonnerie helvète se verra très rapidement frappée d’interdiction

L’interdiction de la Franc-Maçonnerie ne fut pas cantonnée qu’à Fribourg. En effet, à peine for­mées, les loges de Genève et Lausanne se virent frappées d’inter­dit. A Genève, George Hamilton fut sommé par le Petit Conseil, le 5 mars 1736, de refuser l’entrée dans sa loge aux citoyens genevois. Lorsque, l’an­née suivante, Hamilton fut nommé Grand Maître Provincial des loges de Genève par la Grande Loge de Londres, ce qui l’autorisait à fonder d’autres loges, les autorités religieu­ses de la ville intervinrent auprès des pouvoirs publics et le Conseil des Deux-Cents, par décision du 8 sep­tembre 1744, ratifia l’interdiction de la Franc-Maçonnerie à Genève. En effet, les gouvernements conserva­teurs de Genève et de Berne (qui coif­fait Lausanne) goûtaient aussi peu que Fribourg les idées sociales nou­velles qui couraient dans les Loges. Malgré l’interdiction, la Franc-Maçonnerie genevoise n’en continua pas moins de prospérer. Une des loges, l’Union, créée en 1768 (qui adoptera en 1806 le titre d’Union des Coeurs et est toujours active aujour­d’hui), se distingua par sa manière sérieuse de travailler, ce qui incita bon nombre de personnalités à y adhérer. C’est ainsi qu’elle eut l’occasion d’ini­tier, le 5 août 1789, le prince Edouard, duc de Kent, fils de Georges III d’Angleterre et père de la future reine Victoria. Il devint d’ailleurs, en 1813, Grand Maître de la Grande Loge d’Angleterre.

Le nombre grandissant des loges les incita pour la première fois à se regrouper en une Grande Loge Nationale de Genève, constituée le 24 juin 1769, qui rassemblait neuf loges. L’Union y adhérera en 1776. A noter que la loge La Discrétion de Zurich, alors unique loge de cette ville, en faisait également partie, car, créée en 1771, elle avait reçu sa patente de fondation de la Grande Loge Nationale de Genève.

Les troubles de 1782, qui verront le parti des Représentants se heurter à celui des Négatifs (conservateurs) et se soulever pour obtenir l’accès au Conseil Général de la République, se termineront par l’écrasement des Représentants avec l’aide des troupes bernoises, françaises et celles du roi de Sardaigne. L’Edit de Pacification qui s’ensuivit interdit les « sociétés secrètes et les confréries ». Les loges, dont certains membres avaient joué un rôle actif dans l’insurrection, furent contraintes de suspendre officielle­ment leurs activités, non sans conti­nuer d’oeuvrer dans la clandestinité. Pour preuve la création, le 22 mai 1786, dans le plus grand secret, du Grand Orient National de Genève, en remplacement de l’ancienne Grande Loge. Après la Révolution française de 1789, Genève sera annexée par la France, mais les loges, qui ont cessé leurs activités depuis 1792-95, ne les reprendront que sous le ler Empire.

A Lausanne, peu après la création de la Parfaite Union des Etrangers, d’autres loges s’ouvrirent en ville et dans le Pays de Vaud. Cette extension rapide de la Franc-Maçonnerie en terre vaudoise (alors sous la tutelle de Berne) inquiète le gouvernement bernois. Ce dernier, par un édit daté du 3 mars 1745, déclare « supprimée et interdite sur tout le territoire de Berne la société et ligue des francs-maçons ». Cependant, comme à Genève, les francs-maçons passeront dans la clandestinité. Après le départ du bailli  bernois Tscharner, en 1776, un accord sera élaboré entre les Frères de Zurich et ceux de Lausanne pour créer les Directoires Helvétiques Romand et Allemand qui se partageaient la juridiction de la Franc-Maçonnerie suisse, afin d’éviter une trop grande dispersion des loges, source d’irrégularités maçonniques. Mais, comme Genève en 1782, Berne renouvelle cette même année son interdiction, et les loges doivent se remettre en sommeil. Toutefois, leurs membres restent en contact.